Используется как лекарственный препарат несистемного действия. Зарегистрирован в качестве пищевой добавки-консерванта под кодом Е235, применяемой для предупреждения развития грибковой микрофлоры на мясных, молочных, кондитерских и других изделиях. В частности, используется при изготовлении полукопченых и сырокопченых колбас, а также сыров, входя в состав сырной корки, защищающей продукт от заплесневения.
Считается, что при обработке поверхности пищевых продуктов данным веществом оно не проникает вглубь, оставаясь в слое толщиной не свыше 5 мм.
При соблюдении допустимых дозировок вещество нетоксично, не обнаружена его канцерогенная активность. Однако при превышении концентрации способно вызывать негативные реакции со стороны желудочно-кишечного тракта.
Для убежденности в безопасности пищевых продуктов следует заказать исследование в аккредитованной лаборатории ООО «Веста». Массовая доля натамицина определяется методом высокоэффективной жидкостной хроматографии.